Das Kinderschutzzentrum Salzburg wurde im Jahre 1987 von DSA Karl Amerstorfer gegründet, es war eines der ersten Kinderschutzzentren in Österreich.

Die heutige Vorstandsvorsitzende, Dr. Verena Schrems erinnert sich an die Gründung des Vereins: "Kindesmissbrauch war damals ein absolutes Tabu-Thema. Wir waren ungefähr zwanzig Leute mit einer gemeinsamen Vision zum Schutz minderjähriger Missbrauchs- und Gewaltopfer. Wir haben uns im Salzburger Gablerbräu getroffen und jeder hat 1.000,-- Schilling auf den Tisch gelegt, das war unser Startkapital. Später konnte die öffentliche Hand als Fördergeber gewonnen werden, private Unternehmen wie die Porsche Bank unterstützten den Aufbau des Vereins. Somit konnte sich das Kinderschutzzentrum zu einer kompetenten und professionell arbeitenden Institution entwickeln".

Nach dem viel zu frühen Tod von Karl Amerstorfer im Jahr 1996 hat Dr. Verena Schrems die Leitung des Vereins übernommen. Das Kinderschutzzentrum wurde zur einzigen umfassend arbeitenden Kinderschutzeinrichtung im Bundesland Salzburg weiter entwickelt, Außenstellen im Pinzgau  wurden eröffnet. Im Jahr 2009 wurde die Organisation völlig neu positioniert und strukturiert. Es wurden die Weichen gestellt, um noch professioneller und effizienter helfen zu können.

Mit dem Umzug im Juli 2010 in neue, größere, familienfreundlichere und barrierefreie Räumlichkeiten wurde der nächste "Quantensprung" gemacht. Im Jahr 2011 wurden die Außenstellen im Pinzgau ausgebaut: Zell am See ist an drei Nachmittagen pro Woche geöffnet, Mittersill an einem Nachmittag pro Woche. Nächstes Ziel ist die Eröffnung einer Außenstelle in Bischofshofen, die Realisierung ist für 2013 geplant.